地震预警湖北省重点实验室的运行管理实行在学术委员会和管理委员会指导下的主任负责制，其日常管理工作由实验室主任负责并由科学技术处具体实施。学术委员会负责审议和指导实验室的建设规划及目标、任务和研究方向等，审议实验室的重大学术活动、年度工作计划和开放研究课题等；管理委员会是实验室日常管理的协调机构，负责协调依托单位相关部门对实验室的管理和建设进行支持。

实验室成立伊始即开始着手制定相关规章制度，在学术委员会的指导下，充分听取科研人员意见建议，制定了《地震预警湖北省重点实验室管理办法》和《分析预报岗位管理与考核办法》。同时，实验室管理部门还配合依托单位中国地震局地震研究所，制定完善了《科研人员年度考核办法》、《中国地震局地震所（局）科技项目（课题）与成果、论文奖励办法》、《中国地震局地震研究所研究室主任职责》等管理制度。这些制度提高了对科研成果的奖励水平，极大地促进了科研人员的积极性和创造性，激发了广大科研人员工作热情，为实验室营造了良好的学术风气。2016年12月，《中国地震局地震研究所重点实验室建设目标与实施路线》、《中国地震局地震研究所重点实验室日常运行维护管理办法（试行）》、《中国地震局地震研究所实验室重点仪器设备日常维护维修管理办法（试行）》正式印发实施，为加强重点实验室建设、规范实验室管理提供了制度保障。

中国地震局地震研究所作为实验室依托单位，在人、财、物条件方面对实验室予以有力保障和支持。在实验室运行方面，积极听取实验室学术委员会和管理委员会的意见建议，赋予实验室主任对日常管理的自主支配权，保障了实验室的学术和管理的独立性。每年按计划选派实验室科研人员赴国内外参加学术会议，选派优秀青年科研人才出国学习培训。鼓励实验室科研人员申报所长基金等科研项目，并在修购项目中大力支持实验室急需设备的采购。通过一系列有力有效的支持措施，促进了实验室的持续健康发展。